そしてイザナキは妻のイザナミに会いたいとお思いになって黄泉の国に後を追って行かれた。
そこでイザナミが御殿の閉まった戸から出迎えられたときに、イザナキは「いとしいわが妻よ、私とあなたで作った国はまだ作り終わっていません。だから帰るべきです」と仰せになった。
イザナミはこれに答えて「残念なことです。早く来ていただきたかった。私はすでに黄泉の国の食べ物を食べてしまいました。されどもいとしいあなたが来てくださったことは恐れ多いことです。だから帰りたいと思いますので、しばらく黄泉の国の神と相談してきます。その間私をご覧にならないでください」と仰せになった。
こういってイザナミは御殿の中に帰られたが、大変長いのでイザナキは待ちかねてしまった。
そこで左の御角髪（ミミズラ）に挿していた神聖な櫛の太い歯を一つ折り取って、これに火を点して入って見ると、イザナミの身体には蛆がたかってゴロゴロと鳴き、頭には大雷、胸には火雷、腹には黒雷、女陰には｛さく｝雷、左の手には若雷、右の手には土雷、左の足には鳴雷がいて、右の足には伏雷がいた。
併せて八つの雷が身体から出現していた。
これを見てイザナキは怖くなり、逃げ帰ろうとしたとき、イザナミは「私に恥をかかせましたね」と言って、すぐに黄泉の国の醜女を遣わしてイザナキを追わせた。
そこでイザナキは黒い鬘を取って投げ捨てると、すぐに山葡萄の実がなった。醜女がこれを拾って食べている間にイザナキは逃げていった。しかし、なお追いかけてきたので右の鬘に刺してあった櫛の歯を折り取って投げると、すぐに筍が生えた。醜女がこれを抜いて食べている間にイザナキは逃げていった。
その後、イザナミは八つの雷に大勢の、黄泉の国の軍を付けてイザナキを追わせた。そこでイザナキは佩いていた十拳の剣を抜いて、後ろ手に振りながら逃げていった。
しかし、なお追ってきたので黄泉の国との境の黄泉比良坂（ヨモツヒラサカ）のふもとに至ったとき、そこになっていた桃の実を三つ取り、待ち受けて投げつけると、すべて逃げ帰った。
そこでイザナキは桃の実に「お前が私を助けたように、葦原中国のあらゆる人たちが苦しくなって、憂い悩んでいるときに助けてやって欲しい」と仰せられて、桃にオオカムヅミ（意富加牟豆美命）という名を賜った。
最後にはイザナミ自らが追ってきた。
そこで千人引きの大きな石をその黄泉比良坂に置いて、その石を間に挟んで向き合い、夫婦の離別を言い渡したとき、イザナミは「いとしいあなたがこのようなことをなさるなら、私はあなたの国の人々を一日に千人絞め殺してしまいましょう」といわれた。
そこでイザナキは「いとしいあなたがそうするなら、私は一日に千五百人の産屋を建てるでしょう」と仰せになった。こういうわけで、一日に必ず千人が死に、一日に必ず千五百人が産まれるのである。
そこでイザナミを名付けて黄泉津大神（ヨモツ）という。またその追いついたことで道敷大神（チシキ）ともいう。また黄泉の坂に置いた石を道返之大神（チガヘシ）と名付け、黄泉国の入り口に塞がっている大神とも言う。なおその黄泉比良坂は、いま出雲国の伊賦夜坂（イフヤサカ）である。
このようなことでイザナキは
「私はなんと醜く汚い国に行っていたことであろうか。だから、我が身の禊ぎをしよう」
と仰せになり、筑紫の日向の、橘の小門の阿波岐原（アワキハラ）においでになって、禊ぎをされた。
生まれた12柱の神様は、陸路と海路に関わる神である。
投げ捨てた杖にツキタツフナト（衝立船戸神）
つぎに投げ捨てた帯にミチノナガチハ（道之長乳歯神）
つぎに投げ捨てた袋にトキハカシ（時量師神）
つぎに投げ捨てた衣にワヅラヒノウシノ（和豆良比能宇斯能神）
つぎに投げ捨てた袴にチマタ（道俣神）
つぎに投げ捨てた冠にアキグヒノウシノ（飽咋之宇斯能神）
つぎに投げ捨てた左手の腕輪にオキザカル（奥疎遠神）、つぎにオキツナギサビコ（奥津那芸佐毘古神）、つぎにオキツカヒベラ（奥津甲斐弁羅神）である。
つぎに投げ捨てた右手の腕輪に生まれた神の名は辺疎遠神（ヘザカル）、つぎに辺津那芸佐毘古神（ヘツナギサビコ）、つぎに辺津甲斐弁羅神（ヘツカヒベラ）である。
身に付けていた物を脱いだことによってイザナギはすっかり裸になった。
そして禊祓（みそぎはらえ）をするため、いよいよ水の中へと進んでいった。
「川の上の瀬は流れが速い。下の瀬は流れがおそい」
といって、そこで中流の瀬に沈んで身を清められた時に、ヤソマガツヒ（八十禍津日神）、つぎにオオマガツヒ（大禍津日神）が生まれた。この二柱の神は汚らわしい黄泉の国に行ったときの汚（けが）れから生まれた神である。
ヤソマガツヒは、沢山の災禍の神様
オオマガツヒは、偉大な災禍の神様
２柱は、あらゆる災いについての神様である。
ヤソマガツヒとオオマガツヒという、あまりに恐ろしい神様ができてしまったので、つぎにその禍いを直そうとして神様が生まれた。
カムナホビ（神直毘神）、つぎにオオナオビ（大直毘神）、つぎにイヅノメ（伊豆能売）の３柱である。
カムナホビは、曲がったことを正しく直すことの神様
オオナオビは、正しく直すことの偉大な神様
イヅノメは、厳粛で清浄な女性、という意味である。名前に「神」がつかないので巫女の起源となる存在といわれている。
イザナミがさらに念入りに、川底、川中、水面と三か所で、体をすすいだ。
三か所でそれぞれ２柱ずつ、次の神様が生まれた。
川の底で禊ぎをしたときに、ソコツワタツミ（底津綿津見神）、つぎにソコツツノヲ（底筒之男命）
川の中程で禊ぎをしたときに、ナカツワタツミ（中津綿津見神）、つぎにナカツツノヲ（中筒之男命）
水面で禊ぎをしたときに、ウハツワタツミ（上津綿津見神）、つぎにウハツツノヲ（上筒之男命）
この３柱の綿津見神は、海の神様。
これら３柱の綿津見神は、阿曇連（アズミノムラジ）らの祖先神として祀られている神である。
そして阿曇連らはそのワタツミの子の、宇都志日金析命（ウツシヒカナサク）の子孫である。
日本神話では神々がやがて人になっていったので、日本国民の誰もが何らかの神々の子孫といえるかもしれません。
また三柱の筒之男命は、何を神格化した神様なのか諸説あるが、船の筒柱の神様ではないかといわれていえう。住吉神社に祀られている住吉大神（住吉三神）である。
